Debutó con gol en Boca, se fue con Schelotto, pasó por Brasil y ahora juega en una de las ligas más raras

Ya con Guillermo Barros Schelotto como DT -asumió en marzo de 2016- Messidoro tuvo su estreno oficial en Primera, fue ante Aldosivi por el Torneo de Transición 2016. Ese año permaneció en el club, pero apenas jugó cuatro partidos más y de cara al 2017, el Mellizo le comunicó que no sería tenido en cuenta y que se busque club. Así fue como Alexis Messidoro puso punto final a su ciclo en el Xeneize.

Bolivia, Brasil y regreso a Argentina

Tras pasar el 2016 en Boca, Alexis Messidoro buscó una salida ya que no iba a ser tenido en cuenta y así fue que en 2017 pasó a Sport Boys de Bolivia, pero allí solamente estuvo por un semestre antes de pasar a uno de los clubes más importantes de Brasil: Cruzeiro. Pero en el conjunto de Belo Horizonte también permaneció solamente por seis meses antes de regresar al fútbol argentino para jugar en Talleres de Córdoba, elenco al que representó durante un año.

Uruguay, Venezuela y nuevo paso por el fútbol argentino

Tras terminar su préstamo en Talleres, Alexis Messidoro se marchó al fútbol uruguayo y durante 2019 representó a Cerro Largo, pero nuevamente se marchó pronto y tan solo seis meses después de haber arribado se fue. Estuvo seis meses en Boca durante 2019, hasta que finalmente quedó con el pase en su poder y así fue que en 2020 pasó a Estudiantes de Mérida de Venezuela. Nueve meses después de haber llegado allí, Messidoro volvió a cambiar de equipo y así fue que en septiembre de 2020 llegó a Platense, en lo que fue su tercer equipo en el fútbol argentino.

Grecia y presente en Indonesia

A menos de un año de haber llegado a Platense, Messidoro volvió a cambiar de equipo. En esta oportunidad, para mediados de 2021, el mediocampista ofensivo llegó al fútbol europeo para jugar en un equipo del Ascenso de Grecia: el OF Ierapetra, pero allí tampoco logró establecerse y tal solo un año después se marchó para jugar en Persis de Indonesia. Luego de dos años en dicho club, Messidoro cambió de equipo, pero no de liga y desde mediados de 2024 que se encuentra en Dewa United, uno de los clubes más importantes del país.